17 июня 1988 года в Муствеэ прошли торжества по поводу полувекового юбилея получения населённым пунктом статуса города. К этому дню в городе, площадь которого 6,4 квадратных километра, уже проживало менее двух тысяч человек. А ведь за 90 лет до этого в 1897 году население этого тогда ещё посёлка в Причудье было почти в два раза больше.
За полвека главами городской администрации были полтора десятка человек. Первым мэром в годы первой эстонской независимости с 17 июня 1938 года стал Вальтер Кулли, которого в 1939 году сменил Михкель Коппель. С 1940 по 1941 годы уже советский Муствеэ возглавляли Никандор Семёнов и Назар Лисаров. В годы немецкой оккупации гражданским главой местной власти был Михкель Отс (1941–1944). С возвращением советской власти его сменил Сергей Каймов (1944–1945), а затем на посту главы Муствеэ были Николай Кусов (1945–1947), Василий Чернышев (1947–1948), Харитон Беззубов (1948–1950), Тихон Климов (1950–1952), Лука Улексин (1952–1957), Иван Сторожко (1957–1959), Эльмар Петерсон (1959–1982), Велло Мяесепп (1982–1984) и Андрес Ребане, который занял этот пост в 1984 году.
С приходом к власти в СССР Михаила Горбачёва, который с 11 марта 1985 года занял пост Генерального секретаря КПСС, а с 1 октября 1988 года возглавил Президиум Верховного Совета СССР, в стране начались реформы, которые привели к её распаду. 15 входивших в состав Советского Союза республик стали независимыми государствами. Эстония вместе с двумя другими прибалтийскими республиками Литвой и Латвией стремилась к независимости сильнее всего и добилась этого одной из первых.
Муствеэ, который к 1989 году впервые за несколько десятилетий смог увеличить численность населения за два года с 1776 до 1994 человек, как и другие города теперь уже независимой страны вступил в очень непростые для неё 1990-е.
С первых дней 1991 года в городе начались серьёзные перемены. Постепенно менять форму собственности, а иногда и закрываться стали крупные и средние предприятия. В июне того же года Антс Лунинг первым открыл первый в Муствеэ частный магазин. Вскоре появилась и первая частная точка общественного питания — кафе-мороженое Айна Раудсеппа, а затем акционерное общество «Корона» открыло уже целый частный торговый центр.
В 1991 году в Муствеэ было 42 улицы, на которых к концу года было прописано 1894 человека. Небольшой рост населения связан с тем, что в границы города было включено несколько близлежащих хуторов.
С 19 по 21 августа 1991 года в столице Советского Союза городе Москве произошла провалившаяся попытка государственного переворота, которая ускорила распад большой страны. 20 августа Верховный Совет Эстонской Республики принял историческое решение, провозгласив государственную независимость. Начался очередной этап в истории Эстонии как независимой страны.
Реформы набирали ход. Постепенно приватизации подверглись все предприятия города. 6 декабря 1991 года начался процесс ликвидации производственного объединения «Йыгева», которое занималось бытовым обслуживанием населения. 16 марта 1992 года состоялся государственный аукцион по продаже его помещений.
Здание на Тартуской улице, дом 16, в котором работали баня, швейное ателье, пункт приёма заказов, а также мастерские по обработке и изготовлению изделий из дерева и металла, было выставлено на продажу по начальной цене 450 000 рублей и приобретено местным жителем Александром Маспановым. Работавшие же на той же Тартуской улице, но в доме 26, фотомастерская, обувное ателье и парикмахерская были проданы без помещений, но с оборудованием — по цене 10000, 3000 и 6000 рублей соответственно.
С 1 июля заработало и созданное на базе дома номер 26 по Тартуской улице акционерное общество, оказывавшее различные бытовые услуги населению — от химчистки и мелиоративных работ до покраски и ремонта одежды и обуви, а также распилки дров и ремонта в частных домах.
Летом того же 1992 года были сданы в эксплуатацию два последних объекта, возведение которых началось в годы СССР. Ими стали третий подвесной мост через реку Муствеэ и жилой дом, построенный местными властями при финансовой помощи ПО «Марат», цех которого был крупнейшим предприятием города.
10 сентября 1992 года Верховный Совет Эстонской Республики утвердил новый муниципальный статус Муствеэ, который теперь являлся независимым самоуправлением в составе Йыгеваского района. 25 сентября в городе состоялось посвящённое этому торжественное собрание. Мэр Андрес Ребане рассказал о работе, проделанной городской управой для получения такого статуса самоуправления, а затем председателю Земского совета Антсу Оргуласу был вручён документ, подписанный президентом Эстонии Арнольдом Рюйтелем.
Из-за отсутствия заказов и нехватки средств на выплату заработной платы на большинстве производств Муствеэ осенью начались сокращения персонала. В литейном цехе тартуского комбината из 20 человек осталось только пятеро. На городской автобазе также существенно сократилось количество работников. Практически ни одному городскому предприятию не удалось избежать кризиса, связанного с новой экономической реальностью. Она же сказалась и на платёжеспособности жителей. К тому же цены после введения в июне вместо рубля эстонской кроны постепенно пошли вверх. Обороты торговых точек начали быстро уменьшаться. К концу 1992 года в Муствеэ не осталось ни одной из начавших год четырёх государственных такси. Горожан теперь обслуживали только два частника.
К концу 1990-х годов все предприятия, которые работали в годы СССР, были либо ликвидированы, как, например, цех ПО «Марат» и филиалы других фабрик и заводов, либо стали частными, существенно сократив свои обороты.
В XXI век Муствеэ вступил независимым муниципалитетом, каковым оставался более двух десятков лет, постепенно теряя жителей. В октябре 2017 года административная реформа в ходе которой внутри Эстонии было изменено немало административных границ, вновь лишила главный город Причудья независимого статуса. И хотя волость осталась с тем же названием (Муствеэ), её территория значительно выросла, составив 615,64 км².
Помимо города Муствеэ, в состав одноимённой волости вошли земли четырёх других волостей — Авинурме, Казепяэ, Лохусуу и Сааре. Муствеэ при этом остался административным центром. В составе нового административного образования было два посёлка — Авинурме и Лохусуу, а также 59 деревень. Стоит отметить, что даже реорганизация не смогла привлечь в Муствеэ новых жителей. Численность населения волости на момент образования была 5617 человек, а к концу 2022 года количество жителей в ней сократилось до 4982 человек. При этом и в самом Муствеэ за последние десять лет население уменьшилось более чем на полторы сотни человек.
По данным Департамента статистики, в волости Муствеэ около 250 предпринимателей-физических лиц, 257 паевых товариществ, одно акционерное общество. Почти половина из них занимается сельским хозяйством, лесным хозяйством или рыболовством. Большая часть местного бизнеса — микропредприятия с численностью работников менее 10.
Крупнейшим работодателем в Муствеэ и округе в 2020 году была волостная управа, которая предоставляла 210 рабочих мест. Самым крупным промышленным предприятием являлось OÜ Birger, основной сферой деятельности которой значится производство трейлеров, полуприцепов и контейнеров (194 работника). Далее в рейтинге самых крупных предприятий находились гимназия Авинурме (42 работника), а также основные школы Вооре (31) и Муствеэ (29). В базирующейся в Муствеэ волостной больнице было трудоустроено 29 человек.
В Муствеэ находятся молодёжный центр волости и музыкально-художественная школа, филиалы которой есть в Авинурме и в в Вооре, а также волостной спортивный центр и спортклуб. Спортзалы есть в гимназии Авинурме и в основной школе Вооре. Единственный же плавательный бассейн располагается в Центре культуры Авинурме.
Протяжённость дорожной сети в волости Муствеэ составляет 243 км. Заасфальтированы из них только около 20 километров, а большая часть дорог имеет щебёночное покрытие. Центральное же водоснабжение и местная канализация есть только в двух крупнейших населённых пунктах волости — Муствеэ и Авинурме.
В Муствеэ, который в 2018 году отметил 80-летие получения статуса города, за последнее десятилетие появились также современные строения у порта, был построен пляжный променад, ставший одной из туристических достопримечательностей, а также открылась новая гостиница и была завершена реконструкция культурного центра.
Последняя публикация, касающаяся Муствеэ и волости, административным центром которого он является, будет посвящена тем достопримечательностям, которые привлекают в эстонское Причудье туристов.