После выхода Эстонии из состава Советского Союза в 1991 году развитие как Кярдла, так и всего острова Хийумаа значительно замедлилось. Многие промышленные и сельскохозяйственные предприятия региона либо прекратили своё существование, либо существенно снизили объём производимой продукции.
Смогло пережить пережить непростые 1990-е годы крупнейшее предприятие острова — рыболовецкий колхоз «Хийу Калур». После реорганизации с 1991 года он работал под эгидой акционерного общества Hiiu Kalur AS. Помимо лова рыбы предприятие также в те годы занималось судоремонтом и изготовлением принадлежностей для рыбной ловли.
С 17 мая 1996 года большую часть работ проводило его дочернее преприятие — Dagomar AS. Однако в 2005 году оно как оператор рыбного завода в Кыргессааре было объявлено банкротом и через два года было приобретено за полмиллиона евро одним из крупнейших представителей пищевой промышленности Эстонии — акционерным обществом Tere. Далее, поскольку новый собственник так и не смог «восстановить производство», то было принято решение о распродаже основных фондов и полной ликвидации рыбного завода в Кыргессааре.
Закрытие рыбозавода, который буквально за несколько лет до этого был значительно реновирован, стало серьёзным ударом по экономике региона. Единовременно потеряли работу более 250 человек, а на следующем этапе банкроства на улице оказалось ещё около сотни человек. Всё оборудование было распродано, а здания цехов — снесены. Для небольшого Кыргессааре, в котором проживает менее 400 человек, это стало важным социальным вопросом.
В 2012 году уже само акционерное общество «Хийу Калур» стало одним из собственников рыбоперерабатывающего завода в Финляндии, что позволило получить предприятию дополнительные квоты на вылов салаки и кильки. Кроме того, по состоянию на середину 2010-х годов в собственности у него было также три других рыбзавода на территории Эстонии — один на Сааремаа (Ляэтса) и два в Пярнумаа (Лиу и Аудру).
В 2013 году оборот предприятия составлял 4,09 миллиона евро, но до 2021 года ни разу больше не превысил 3,3 миллиона. Также постепенно сокращалось и количество работников. Если в 2017 оду их было 53 человека, то в марте 2022 года осталось всего 37. Связано это с тем, что важным рынком сбыта для рыбной продукции предприятия была Россия, с которой в последние годы резко сократился товарооборот из-за экономических санкций.
Кярдла также пришлось очень непросто в 1990-е годы. Практически все крупные производства в городе либо закрылись, либо существенно уменьшили обороты. Число жителей главного города острова Хийумаа, которое в 1989 году достигло рекордных 4136 человек, начало постепенно снижаться. В 2000 году в Кярдла проживало уже 3773 человека, к 2010 году осталось 3634 человека, а в 2020 году — 3183 человека. По состоянию на конец 2021 года на площади 4,53 квадратных километра здесь зарегистрировано 3046 жителей, что позволило Кярдла остаться на 28-м месте среди 47 городов Эстонии.
О том, с какими проблемами пришлось столкнуться кярдласцам, говорят и сухие цифры статистики. Если в 1989 году большая часть работающей части населения была занята в обрабатывающей промышленности (704), строительстве (352), транспорте (268), а также в сельском и лесном хозяйстве (220), то к 2020 году всё резко изменилось. Больше всего рабочих мест стало предлагаться в торговле (257) и органах власти (221). Доля же строительства сократилась более чем в два раза, промышленности — почти в три раза, а сельского хозяйства — более чем в четыре раза.
Главными работодателями города Кярдла на сегодняшний день являются школы и детские сады, больница, а также органы местной власти и социальные учреждения. Немалая часть жителей города как в начале 1990-х, годов так и сейчас занята с торговле, бытовом обслуживании населения и туризме.
В городе, помимо Хийумааской средней школы, работают кружки и клубы в музыкальной и спортивной школах. Крупнейшее учреждение культуры острова — Кярдлаский центр культуры, при котором работают местный театр кукол и городская библиотека. Важнейшее учреждение здравоохранения — Хийумааская больница, также расположенная в Кярдла.
Шоссейные дороги соединяют Кярдла с посёлками Кяйна и Кыргессааре, а также с другими населёнными пунктами острова и двумя портами — Хельтермаа и Лехтма. Первый, расположенный в 25 километрах на восток, является главной гаванью острова, поскольку именно отсюда курсируют грузо-пассажирские паромы на материковую часть Эстонии (порт Рохукюла). Второй же, расположенный в 12 километрах севернее Кярдла на полуострове Тахкуна, является в основном грузовым и яхтенным портом.
Единственный на острове Хийумаа аэропорт находится примерно в шести километрах к востоку от города Кярдла в посёлке Хийессааре. Взлётная полоса ранее военного аэродрома начала экплуатироваться гражданской авиацией в 1963 году. В разные годы отсюда вылетали пассажирские самолёты не только в Таллинн, но и в другие города Эстонии (Хаапсалу, Курессааре, Вильянди, Тарту), а также за её пределы — в Ригу, Мурманск, Вильнюс, Каунас.
После выхода Эстонии из состава СССР количество вылетов резко сократилось. Самолёты Ан-2 и Як-40 летали только в Таллинн. После пика в 16 000 обслуженных на линии пассажиров в 1992 году произошёл резкий спад. Связано это было с ростом цен на билеты и сокращением платёжеспособности населения. В 1993 году число пассажиров упало до цифры менее 4000 человек, а пик спада пришёлся на 1995 год, когда из столицы Эстонии на остров Хийумаа слетали всего 580 человек.
С начала XXI века в среднем ежегодно было более 1300 вылетов из аэропорта Кярдла. Большая часть из них была на Таллинн (были также в Стокгольм и Тарту). Пассажиропоток при этом постепенно рос. Если в 2001 году при 1304 вылетах число пассажиров составляло 2791, в 2010 году при 1352 вылетах пассажиров было 10 551, то в 2022 году при 1534 вылетах самолёты авиакомпании Transbaltika перевезли 12 004 человека.
23 января 2023 года на авиалинии Таллинн — Кярдла сменился оператор. Теперь её обслуживает авиакомпания Diamond Sky на самолётах марки Saab340A. Время в пути — 40 минут. Стоимость билета — от 25 евро в одну сторону.
Однако большая часть тех, кто прибывает на Хийумаа, который гиды иногда именуют «Утренним островом», всё-таки пользуется паромом из Рохукюла. Переправа до гавани Хельтермаа занимает обычно примерно один час и 15 минут. И хотя Хийумаа значительно менее популярен у туристов, чем расположенный рядом самый большой остров Эстонии — Сааремаа, всё-таки и здесь есть немало того, что стоит посетить.